La primera Iglesia de San Juan, fue construida en 1805, completamente de madera, con el paso de los años, decidieron remozarla y darle un toque diferente, pero aún seguía siendo de madera.

En 1852-1958, se volvió a edificar la iglesia bajo el mandato del presbístero Rubén Baltonado y Alfaro. En 1983 fue ascendida a rango de Catedral, con la llegada del Obispo Pedro Lisímaco Vílchez.

Dentro de la catedral se encuentran grandes reliquias religiosas como El Cristo Flagelado, de las cuales existen dos en el mundo, una en Italia y la otra en Nicaragua. La imagen del Cristo Flagelado fue traída durante la conquista.

En la torre sur de la Catedral se ubica el reloj, del cual se dice es el único en el mundo, y es una replica del Big Ben que se encuentra en Londres.